入力側コンデンサについては、推奨回路の場合、最低限必要な容量を記載しており、容量が大きいことによる問題はありません。
出力コンデンサの場合も一般的には、同様ですが、製品によっては、出力コンデンサに制限があるものがあります。これらのコンバータは、コンデンサの容量が大きいと起動時に出力電圧の立ち上がりが遅れることが原因で起動できなくなります。
出力容量の制限が無いコンバータの場合にも、極端に大きな容量（推奨コンデンサ容量の数十倍以上）を接続すると、起動時、電圧の充電に時間がかかるため、その間、定格オーバーすることになりますのであまりお勧めできません。